Slúži potrebám onkologických pacientov z celého územia Slovenska. Ústav je začlenený do siete zdravotníckych zariadení a má zmluvný vzťah so všetkými zdravotnými poisťovňami pôsobiacimi v SR.
V Onkologickom ústave sv. Alžbety je 7 posteľových oddelení s kapacitou 205 postelí (chirurgické, onkogynekologické, maxilo–faciálnej chirurgie, intenzívnej medicíny, interné, rádioterapeutické a nukleárnej medicíny).
Ďalej v ňom funguje 25 bez posteľových oddelení, 74 odborných ambulancií a Lekáreň sv. Alžbety, slúžiaca potrebám ústavu aj verejnosti.